ギャラクター本部の入り口を探す健たちは、瀕死のジョーを発見する。傷つき倒れたジョーをその場に残し、本部へ突入する四人。刻一刻と地球消滅が迫る中、ついにベルクカッツェを追い詰める健。果たして世界の、そして科学忍者隊の運命は!?


「さぁ、行け。急がねぇとカッツェの奴がそろそろ動きだすぜ。」