単身ギャラクター本部へと乗り込んだジョーだが、再び捕らわれの身となってしまう。科学忍者隊がジョーを捜索する中、ギャラクターの最終計画「ブラックホール作戦」が着々と進行していく。地球内部へと投下される爆弾によって、世界各地で引き起こされる大地震。忍者隊はジョーのブレスレットから発せられた信号を頼りに、ギャラクター本部であるヒマラヤとの境界、クロスカラコルムへと出撃する。


「立派だぜ、ベルク・カッツェ。そこまで悪に徹するなんざ敵ながら見上げたもんだ」