銀河星雲の謎を解くべく、二人の若者を乗せ宇宙へと打ち上げられた有人ロケット・レオナ3号。その発射に立ち会っていた南部博士が、カッツェにさらわれてしまった。捜索を開始する科学忍者隊であったが、時を同じくして大気圏外のレオナ3号で事故が発生。このままでは地球へ墜落し、甚大な被害が出ると予測された。それを止められるのは南部博士しかおらず、忍者隊は博士の捜索を急ぐのだが…。


「しょうがねえや。くそぅ、カッツェめ!俺にこのボタンを押させるのか?恨むんならギャラクターを恨めよ‥‥」