サラサ砂漠のマントルエネルギー蓄積工場が鉄獣に襲われ、その時に出来た地中の裂け目にボーリングドリルのエネルギー源が落下してしまった。これがマグマ層に接触してしまえば、大地震が発生して付近の街が壊滅し兼ねない。科学忍者隊は地質学の権威カリグ博士と共に、落下を続けるドリルを止めるため、地底探査船に乗り込んで地底を進む。しかし、そこにはギャラクターの鉄獣が待ち構えていた。


「くっそぅ、ゴッドフェニックスでなくて残念だ。」