鉄獣スカイスクイラーの兵器実験中、余波を受けてギャラクターの観測機が墜落。事故現場を調査していた健は、気を失って倒れている青年を発見。連れ帰るが、彼は記憶を失っていた。そしてついにギャラクターはスカイスクイラーで街の破壊を開始。その強力な攻撃に対し、科学忍者隊は手も足も出ずに大敗する。そこで南部博士は、敵の攻撃の正体を見たであろう青年の記憶を取り戻そうとする。


「ちぇ、面白くねえ。何がG-6号だい」