霧に包まれた北の孤島・アシカ島で密かに操業していたISOの秘密採掘場が、ギャラクターに発見されてしまった。採掘していたのが高エネルギーを含む鉱石・カエナインであると知ったギャラクターは、略奪のため島の攻撃を開始。取り残された作業員たちを救おうと島へと向かった科学忍者隊は、敵の猛攻撃の中、彼らを逃がすため島に生息するアシカの群れを利用した脱出計画を立てる。



「それにしても大手を振ってじゃなく、コッソリってのがどうも気に入らねえなぁ。」
ジョーのことわざ「なるほどね。さすがは南部博士だ。防御は最大の攻撃ってわけか。」