ISOの無人工場をギャラクターが乗っ取り、鉄獣メカニカを作り出してしまった。出動した科学忍者隊を退け、追跡を振り切って何処かへ消える鉄獣。バードミサイルも効かないメカニカを倒すためには、敵の基地を探し出して設計図が写されたマイクロフィルムを手に入れなければならない。一方、ギャラクターの基地がトンネルに隠されていると推測した甚平は、一人で捜査を進めていた。



「しかし俺達にはバードミサイルという武器がありますよ。」
「いつまで考えていても仕方ないぞ。」