10年前に公害によって滅んでしまった街ゴーストシティで、調査隊が攻撃を受け全滅した。毒ガスの充満する街を調査するため、科学忍者隊はゴッドフェニックスの装甲を対ガスの防御皮膜で覆って発進。街がギャラクターの基地になっていることを突き止め、国連軍の攻撃によって壊滅させた。しかし、ギャラクターは汚染された海の底で、恐ろしい力を秘めた怪生物クラゲレンズを育てていた。


「の・り・す・ぎ」
「かけがえの無いこの地球のことを全然考えないで公害を出しすぎたからなんだよ。」

「違う、4つだ。いや5つ…6つ。」
「今度は何をする気だ?化け物め。」