航海中の原子力客船が、ギャラクターの鉄獣アイス・キャンダーに襲われて消息を絶った。他にも空母や潜水艦など、原子力船ばかりが次々に消えているという。偵察機に撮影された海を移動する巨大氷山が怪しいと睨み、氷山の進行方向である北極へと飛ぶ科学忍者隊。そこで氷に覆われたギャラクターの基地を発見し、二人で潜入した健とジュンは、行方不明となっていた原子力客船を発見する。


「コイツはすげぇや。どれが問題の氷山なのかわからねぇな。」