砂漠の人工湖が突然消え、別の場所に移動するという事件が発生。調査に向かった科学忍者隊は、現地の村の長老から古くから伝わる伝説を聞かされる。かつて燃える赤い砂の恩恵によって栄えた文明があったが、ある日突然砂が動き出し、今度は逆に滅ぼされたのだという。その夜、赤い砂を狙うギャラクターにさらわれてしまう長老。彼が忍者隊に残した首飾りの中には、その赤い砂が隠されていた。



「こういう所に秘密基地を作るのがギャラクターの好みだからな。」