ギャラクターに対抗するため、海底基地の建設を急ぐ南部博士。しかしそれを察知したギャラクターは、完成を妨害するために、鉄獣で基地建設場所を探し出そうとする。一方、街の子供たちに科学忍者隊の中で一番人気が無いと言われた甚平は、手柄を立てて人気者になろうと考え、健たちに黙って出動。一人で鉄獣を倒そうとするのだが、逆に捕らわれた上に基地を発見されてしまう。

「ばけもの。」