世界各国で謎の巨大メカに貯蔵庫が襲われる事件が発生。国際科学技術庁(通称ISO)の南部博士は、この事件が世界征服を企む悪の組織ギャラクターの仕業であると推測。健、ジョー、ジュン、甚平、竜の五人の少年少女によって密かに結成していた特殊部隊・科学忍者隊を招集した。南部博士から敵の本拠地捜索の指令を受け大型戦闘偵察機ゴッドフェニックスに乗り込み出動する。


「健、さすがだぜ。」
「許せねぇな。(ポン)亀の化け物だって?発見したらバードミサイルをブチ込んでやるぞ。」
「健。これじゃ命令を破らないわけにはいかなくなったぜ。」
「健、もうお前の指図は受けねえぜ」